从外观上，08和06 Yamaha YZF-R6很难分辨出来，只是气流罩改良过、后镜少许移位，两侧啡呤作了小量空气动力学上的改良，如今更为流线，排气喉形状改变了。
2008 Yamaha YZF-R6
2008 Yamaha YZF-R6
事实上，08 Yamaha YZF-R6新车的动力区比以前更窄，即是说不是普通一个骑士可以把握得到红区前的超高16,000rpm，显然厂方在新车上耗尽一切努力来增强中段的扭力，使得普通骑士都能感受到那台600最强的引擎。
R6拥有一副强劲引擎，07版更是同级中最强，对高手来说如获至宝，50项改良来提升中段加速力和耐久性，减低磨擦是其中重要的行动。08年R6那台599c.c.直四DOHC16v引擎有镁合金製汽缸顶，口径和冲程不变仍是67x42.5mm，16隻钛金属气阀尺码亦不变，但压缩比的去到更高13.1:1（旧为12.8:1），有助改善中尾段力量。
从R1借来的新兵器是YCC-I（Yamaha Chip-Controlled Intake），此系统在油门开启大过60度和
13,700rpm以上时，进气导管（漏斗）长度改变从长度（66mm）以至宽度（26mm），排气管内有钛合金气阀EXUP系统，其中两条排气岐管直径增大30%，令呼吸更畅顺，这表示技师不用在中尾段作出折衷的改动，骑士有更理想的发挥。
